$解:(1)\because 在矩形ABCD中,AB=8,BC=16,$
$\therefore BC=AD=16,AB=CD=8,$
$由已知可得,BQ=DP=t,AP=CQ=16-t,$
$在矩形ABCD中,\angle B=90^{\circ},AD∥BC,$
$當(dāng)BQ=AP時,四邊形ABQP為矩形,$
$\therefore t=16-t,$
$解得:t=8,$
$\therefore 當(dāng)t=8s時,四邊形ABQP為矩形.$
$(2)四邊形AQCP為菱形;理由如下:$
$\because t=6,$
$\therefore BQ=6,DP=6,$
$\therefore CQ=16-6=10,AP=16-6=10,$
$\therefore AP=CQ,AP∥CQ,$
$\therefore 四邊形AQCP為平行四邊形,$
$在Rt\triangle ABQ中,AQ=\sqrt{A{B}^{2}+B{Q}^{2}}=\sqrt{{8}^{2}+{6}^{2}}=10,$
$\therefore AQ=CQ,$
$\therefore 平行四邊形AQCP為菱形,$
$\therefore 當(dāng)t=6時,四邊形AQCP為菱形;$
$(3)連接AC、BD,AC、BC相交于點(diǎn)E, $
$則整個運(yùn)動當(dāng)中,線段PQ掃過的面積是:\triangle AED的面積+\triangle BEC的面積,$
$\because \triangle AED的面積+\triangle BEC的面積=\frac{1}{2}矩形ABCD的面積,$
$\therefore 整個運(yùn)動當(dāng)中,線段PQ掃過的面積=\frac{1}{2}矩形ABCD的面積$
$=\frac{1}{2}\times AB\times BC$
$=\frac{1}{2}\times 8\times 16$
$=64$