解:?$(1) $?∵在?$Rt \triangle ABC $?中,?$ ∠C=90°$?,?$ a=5$?,?$ b=4$?,
∴?$c=\sqrt {a^2+b^2}=\sqrt {5^2+4^2}=\sqrt {41}$?;
?$(2) $?當邊長為?$ 5 $?的邊是斜邊時, 第三邊的長度為:?$ \sqrt {5^2-4^2}=3$?;
當邊長為?$ 5 $?的邊是直角邊時, 第三邊的長度為:?$ \sqrt {5^2+4^2}=\sqrt {41}$?;
綜上所述,?$ $?第三邊的長度為?$ 3 $?或?$ \sqrt {41}.$?